Undersökning av bottenfauna och vattenväxter
Bottenfaunaprover kan tas i rinnande vatten, i sjöars strandzoner och på djupare bottnar i sjöar eller kustvatten. Syftet kan vara att bedöma försurningspåverkan eller påverkan av organiska föroreningar eller andra miljögifter. Vid bedömning av miljögifter kan mundelar av fjädermygglarver undersökas särskilt. Syftet kan också vara att göra en naturvärdesbedömning, det vill säga bedöma om det finns sällsynta eller hotade arter. Studier av vilka arter som förekommer i en vattenmiljö kan även göras för att följa förändringen över tid.
Kartering av makrofyter eller makroalger sker med vattenkikare, kratta eller genom snorkling eller dykning, beroende på vattendjup och om det gäller söt- eller brackvatten. Syftet är ofta att bedöma om det finns känsliga arter som indikerar god vattenkvalitet eller högt naturvärde. Vattenmossa kan användas för analys av metaller i vattendrag. Calluna undersöker även påväxtalger i rinnande vatten. Kiselalger är en god indikator på försurning och övergödning i vattendrag och är ett bra komplement till vattenkemisk provtagning.